UPTD RSUD Kota Kotamobagu telah teregistrasi di Kementerian Kesehatan RI dengan Nomor Register 71.74.035. Berdasarkan Surat Izin Operasional Sementara Nomor: 79a Tahun 2011 yang dikeluarkan oleh Walikota Kotamobagu, yang kemudian ditindaklanjuti dengan Peraturan Walikota Kotamobagu Nomor 10 Tahun 2011 tentang Pembentukan Unit Pelaksana Teknis Dinas pada Dinas Kesehatan Kota Kotamobagu, organisasi UPTD RSUD Kota Kotamobagu diatur sebagai berikut:

        Kepala UPTD RSUD

1. Membantu Kepala Dinas dalam melaksanakan tugas di bidang pelayanan rumah sakit;
2. Merumuskan kebijakan teknis di bidang pelayanan rumah  sakit;
3. Menetapkan tata cara dan tata laksana pelayanan rumah sakit;
4. Mengendalikan dan mengevaluasi pelaksanaan kegiatan pada tahun yang sudah berjalan berdasarkan rencana dan realisasi sebagai bahan dalam penyusunan program pada tahun berikutnya;
5.   Melaporkan hasil pelaksanaan tugas kepada Kepala Dinas;
6.   Melaksanakan tugas lain yang diberikan oleh Kepala Dinas.

       Sub Bagian Tata Usaha

1. Memberikan pelayanan administrasi di lingkungan rumah sakit;
2. Melaksanakan pencatatan medik;
3. Penyelenggaraan urusan umum dan perlengkapan;
4. Penyelenggaraan urusan kepegawaian;
5. Penyelenggaraan urusan keuangan;
6.  Melaksanakan pemeliharaan kebersihan, keamanan, dan ketertiban kantor;
7. Menyusun laporan kerja UPTD;
8. Melaksanakan tugas lain yang diberikan oleh kepala UPTD.